கோவை மாநகரின் மையப்பகுதியான டவுன்ஹாலில் அமைந்துள்ளது. கி.பி .17 நூற்றாண்டுகளில் கோவையும், அதனை சுற்றியுள்ள பகுதிகளும் மதுரை புனித பிரான்சிஸ் சவரியர் பெயரில் ஆலயம் கட்டப்பட்டது.
பிரேசியாக் ஆயர் கோவையில் 1850ஆம் ஆண்டு இறுதியில் மேற்றிராசனக் கோயிலுக்கு அடிக்கல் நாட்டினார். இந்த பேராலயம் கட்டி முடிக்க 17 ஆண்டுகள் ஆயின. 1867ஆம் ஆண்டு ஏப்ரல் 28ம் நாள் மேதகு தெப்பாமியா ஆயர் அவர்களால் அபிஷேகம் செய்யப்பட்டது. மேற்றிராசனக் கோவிலில் மூன்று மணிகளும் நேர்த்தியான மர வேலைபாடுகளும் புனித சூசையப்பர் பீடமும் உள்ளது. 1931ல் ஆலய வளாகத்தில் சிறுவாணி குடிநீர் குழாய்கள் அமைக்கப்பட்டது. 1947ம் ஆண்டு முதல் இந்திய ஆயராகிய உபகாரசாமி அவர்கள் எல்லா மக்களும் ஆலயத்தின் எல்லா பகதிகளிலும் அமரலாம் என்று ஏற்பாடு செய்தார். கோவை மக்களின் ஆயராக 1950ஆம் ஆண்டு ஏப்ரல் 26ம் நாள் மேதகு பிரான்சிஸ் சவரிமுத்து உயர்த்தப்பட்டார். 1947ஆம் ஆண்டு கோவை மறைமாவட்ட நூறாவது ஆண்டு விழா நினைவாக மேற்றிராசனக் கோயிலருகில் மேற்கு புறம் சேசுவின் திரு இருதய கெபியினை கட்டினார். கோவை மறைமாவட்ட நூற்றி ஐம்பதாவது ஆண்டு நிறைவு விழா மேதகு ஆயர் அம்ரோஸ் அவர்கள் திருநிலைப்படுத்தப்பட்ட 25 ஆண்டு நிறைவு விழா நினைவாக ஆலயம் முன்பு மண்டபம் கட்டப்பட்டது. தற்போது பேராலய பங்கின் இருதுணைப் பங்குகள் ஒன்று என்.எச் சாலையில் உள்ள புனித சவேரியர் கோயிலும் மற்றது ஆத்துப்பாலம் நஞ்சுண்டாபுரம் இட்டேரி பகுதியிலுள்ள புனித மார்டினார் ஆலயமும் ஆகும்.
